Яковлевский район, как впрочем, и сама Белгородчина, располагает поистине уникальной природой. Поверхность земли в основном представляет собой обширную равнину высотой над уровнем моря в пределах 200 метров, разрезанную широкими долинами речек и ручьев, густой сетью балок и оврагов, поросших кустарниками и цветущим разнотравьем.
На территории протекают реки: Северский Донец с притоками Липовый и Саженский Донец, Ворскла с притоком Ворсклец и Пенка, впадающая в Псёл. Северский Донец несет свои воды в Дон, а Псёл и Ворскла - в Днепр.
Обширные черноземные поля, о плодородии которых говорят: «Воткнешь прут - дерево вырастет», чередуются с обнажениями глины и проплешинами белоснежного мела.
Почвенно-климатические условия позволяют заниматься выращиванием зерновых, технических и кормовых культур, вести садоводство и огородничество.
Природная растительность тяготеет к лесостепной зоне центрального Черноземья. Леса, некогда обширные дубравы, сохранились отдельными островками среди распаханных земель. Наиболее значительные леса называются урочищами, из них: "Ямская дача" - 1114 га, "Албино-Смородино" - 483 га, "Гриненков лес" - 538 га, "Маршалково" - 311,8 га. В наших лесах растут дуб, осина, клен, тополь, липа, берёза, лещина, черемуха, рябина красная. На лесных опушках в подлесках встречаются тёрн, боярышник, шиповник, жимолость, калина, бузина. В проймах рек произрастают ракита, ива, ольха.
Травянистый покров составляют луговые растения: адонис, медуница, подорожник, горицвет, тимофеевка, овсяница луговая, колокольчик, зверобой, ландыш, ромашка, фиалка лесная, хохлатка, лютик. Всего представлено около 600 видов лекарственных и кормовых растений.
Летние поляны радуют глаз алыми каплями земляники, синью колокольчиков; белые головки ромашек привлекают к себе нарядных легкокрылых бабочек, озабоченно снуют мохнатые шмели, порхают стрекозы, скрипят кузнечики...
С незапамятных времен славился край богатством и щедростью своей природы. Сейчас в наших лесах обитают лесные и степные виды животных: кабан, лось, косуля, олень, лиса, заяц русак, ёж, барсук, енот, белка, ласка, сурок, тушканчик, выдра, куница, хорёк, бобёр.
Также есть возможность полюбоваться на юрких белок, которые селятся в непосредственной близости от человеческого жилья. В болотах и речках обитают ондатры, в полях - сурки - байбаки. Красавцы лебеди поселились на водоемах села Завидовка.
Местом концентрации диких зверей и птиц стал Яковлевский заказник. Он представляет большую ценность для сохранения и воспроизводства многих ценных видов зверей и птиц.
В селе Непхаево оглашают округу своим гомоном дикие утки, а на болотах села Крюково величественно вышагивают журавли и цапли.
В селе Кустовом заботливые аисты. По утрам над росными полями раздается звенящая песнь жаворонка, в тучных хлебах прячет своих птенцов перепелка. Соловьиные трели томят ночами сердца не только влюбленных. Под стрехами крыш вьют свои гнезда ласточки. Юркие воробьи выхватывают зернышки из-под носа домашней птицы. 250 видов пернатых обитают в наших краях.
В реках и прудах вольготно себя чувствуют обитатели водной фауны: карась, сазан, окунь, карп, ерш, лещ, красноперка, линь, щука, толстолобик, амур, рак.
Несметные богатства таят в себе недра нашего района. Уникальны залежи железной руды, равных которым нет в мире, особенно ценны Яковлевское и Гостищевское месторождения. Охрой и бокситами богаты подземные клады у сел Гостищево и Вислое. Для строительства и производства изделий из керамики население издавна использовало известь, песок, глину, мел, кремний.
20-й год действует в Яковлевском районе программа благоустройства незамерзающих родников и колодцев. Они обустраиваются руками умелых, мастеровитых людей, усилиями администрации района, администраций городских и сельских поселений, предприятий и организаций, частных предпринимателей. Каждый колодец имеет свой, неповторимый, архитектурный облик, а родники с поэтическими названиями – «Криница», «Ключи», «Пенки» - стали настоящими памятниками природы. Новую жизнь обрели даже старые, давно не действовавшие, колодцы в самых отдалённых сёлах и хуторах, а возрожденный родник «Криница» в с. Шопино стал достоянием не только Яковлевского района, но и всей Белгородчины.
В 2016 году отремонтированы ещё 44 родника и колодца. Победители районного конкурса благоустройства отмечаются дипломами лауреатов муниципальной экологической премии «Экомир», которая является частью национального экологического проекта Российской академии естественных наук. О живительной силе яковлевских родников ходят легенды.
Так, примерно в полукилометре от бывшего города Карпова, среди густых зарослей на пригорке сохранилась поляна, которая в народе называется «голубчик». На этой поляне до сих пор находятся развалины фундамента когда-то стоявшего здесь женского монастыря. Тут же неподалеку находился Пятницко-Явленский колодец. Весной 1993 года вешние воды окончательно заилили его песком и сровняли с землей. И лишь небольшой деревянный крест говорил о том, что колодец был где-то в этом месте.
По рассказам местных жителей, в этом колодце явилась икона Божией Матери. Увидели ее два мальчика, пасшие коров недалеко от колодца. Они пытались достать икону, но икона не давалась им в руки, то появляясь, то снова исчезая. При попытке поймать икону, дети повредили на изображении глаза. Взрослые тоже не смогли вытащить икону. И лишь после того, как священник отслужил молебен, икону вытащили без труда и поместили в Успенском храме с. Пушкарное.
В соборную пятницу (пятница на пасхальной неделе) к роднику устраивался крестный ход. К этому дню к роднику съезжались люди из сел района. Собирались тысячи людей. Люди молились, набирали воды и уходили в лес на пятницкую гору, омывались там целебной водой, а одежду оставляли на деревьях. Старожилы рассказывают, что гора просто пестрела от одежды, оставленной больными, страждущими людьми.
После того как родник исчез, жители района мечтали о его возрождении. И вот в 2001 году родник был восстановлен, и теперь может врачевать всех, кто верит в его целебные свойства.
Чтобы сохранить родниковое богатство, бывший глава района Александр Владимирович Турьянский принял решение восстановить и благоустроить памятники природы, и украсилась Яковлевская земля чудо-колодцами – произведениями народного зодчества, выполненными заботливо и с любовью. Это благое начинание продолжает нынешний глава Яковлевского района Иван Васильевич Бойченко. И растет на нашей земле число спасенных родников.